L’area protetta comprende una stratta fascia di territorio in cui sono presenti il tratto ligure del fiume Magra, la parte del fiume Vara, suo principale affluente, fino all’altezza di Ponte Santa Margherita e i promontorio del Caprione che si spinge verso il mare con forme aspre e rocciose. Il parco è delimitato da un lato dal Golfo di La Spezia edal mare aperto, dall’altro dalla foce della Magra, con la piana di Luni.
Il Vara scorre in un territorio prevalentemente boscoso e si presenta ancora ben conservato; il tratto spezzino della Magra, dà origine invece ad una vasta piana intensamente coltivata e sfruttata. Il promontorio del Caprione verso il mare è roccioso e frastagliata. La vegetazione è formata da macchia mediterranea, lecceta e pinete a pino d’Aleppo; il versante interno, verso la Magra è rivestito da piante di pino marittimo e boschi misti di latifoglie.
Il Vara e La Magra rappresentano un ambiente fluviale unico per la Liguria e ospitano un patrimonio faunistico particolarmente qualificato perché qui si trova una delle più importanti vie migratorie per gli uccelli acquatici. Tra questi ci sono il Tarabuso, il germano reale , il cavaliere d’Italia e diverse specie di aironi. Nei boschi e nella macchia vivono upupe, pettirossi, picchi e colombacci. Ci sono diverse specie di rapaci e di uccelli marini. Tra i mammiferi ci sono i comuni abitanti dei boschi: volpe, scoiattolo riccio e donnola.